共設25個機構，其中包括12個職能部門（辦公室（黨委辦公室）、黨群工作部 、戰略發展部、人力資源部、財務管理部、企業管理部、合約法規部、總工程師室、安全質量監察部、紀檢監察部、審計部、工會），2個共享總部（后勤服務總部、采購物流總部），3個事業總部（建設事業總部、運營事業總部、經營事業總部）及8個子公司（長春市地鐵有限責任公司、長春市輕軌房地產開發有限公司、長春市名典地鐵置業有限公司、長春市輕鐵廣告有限公司、長春市軌道交通預制構件有限責任公司、長春市泰萊輕軌建筑工程有限公司、中車長客城市軌道交通裝備服務有限責任公司、長影文化傳媒有限責任公司）。
